Váš dotaz je velice zajímavý. Neporadím asi přesně ale snad alespoň trochu a jsem zvědav pokud sem napíšete vývoj svého případu.

Především VP (Veřejnoprávní Původci) jsou povinni fungovat i podle těchto zákonů a vyhlášek: 300/2008, 227/2000, 259/2012.
Připustit „komunikaci s úřadem prostřednictvím běžného emailu“ tedy není hloupé, ale zcela běžný způsob podání vůči úřadu. Je vhodné použít EP (elektronický podpis), který využijete jak na případnou DS (datovou schránku) tak na podpisování běžných emailů doručovaných na adresu VP-adresáta (§2/3/c vyhl.259/2012).
A úřad je povinen tuto zprávu zaevidovat v NEZMĚNĚNÉ formě zaarchivovat. Stěžujte si tedy na postup úřadu u úřadu (§178/1 zák.500/2004). Jako důkaz Vám poslouží identifikátory, které Vám jsou úřadem AUTOMATICKY doručovány jako odpověď na Vámi zaslané emaily na el.podatelny SÚ (stavebního úřadu). Dále Vy můžete po úřadu žádat aby s Vámi komunikoval písemně – to z důvodu, že úřady svévolně porušují ZOOU (odmítají zveřejnit EP a znemožňují využití průkazné komunikace jinak než přes DS) odmítají používat svou komunikaci podepsat EP oprávněného zaměstnance (§17/1 vyhl.259/2012), protože je otázka zda se vůbec na SÚ bavíte s oprávněným pracovníkem a nikoliv s uklízečkou.

„abych se domohla zaprotokolování celého důkazu do spisu“

NEKOMUNIKUJTE s úřadnicí na její ÚŘEDNICKÝ email ale na na adresu el.podatelny nebo přes DS – nakonec tvrdíte že ji máte. Pošlete to znova přes DS a máte jistotu že to musí být ve spise.