… ale selským rozumem, pokud se do fondu oprav odvádí částka za m2 podlahové plochy, pak tímto způsobem vlastníci dané jednotky odvádí nižší částku než by reálně měli ne?

Pokud by příspěvek byl opravdu určen podle m2 podlahové plochy, tak by to tak asi bylo. Ale obvykle bývá (normálně bych napsal, že měl by být, ale…) určen podle spoluvlastnického podílu. To, že je to často komunikováno trochu jinak („na m2 plochy“) je opět jen pro lepší pochopení / představivost, či porovnání s jinými domy, ale podstatné je jak je to naformulováno v (schváleném) usnesení a jak je to pak uvedeno v předpisu plateb či vyúčtování.