Pavle,
problém není ani tak v tom, že můžete dát právo použít datovou schránku účetní. Pokud jí to umožníte, je to jako byste jí dal k podpisu plnou moc, pak by to mělo být v pořádku. Zpráva odeslána datovou zprávou je prostě vždy brána jako by byla podepsána účetní jednotkou.
Problém ale je v tom, že musíte rozlišit podpis datové zprávy jako takové a podpis samotné účetní závěrky.
A pokud pošlete "podepsanou" datovou zprávou nepodepsanou účetní závěrku, tak to v důsledku znamená, že soud takovou závěrku založí do sbírky listin (protože ji dostal od oprávněné osoby), ale ta nebude obsahovat předepsané náležitosti.
Jinými slovy datová zpráva je pouze cesta, kterou se do sbírky listin závěrka dostane, ale po zveřejnění se tato cesta ztrácí. Pokud si takovou listinu najdete na justici, nepoznáte zda byla poslána přes DS.
Ještě k tomu pár poznámek:

- sám často posílám závěrky přímo z DS klientů, mám umožněný přístup. Nicméně často posílám závěrky i z vlastní DS, což by správně soud měl zamítnout. Ještě se mi to ale nestalo ;)
- toto stanovisko GFŘ zamotalo hlavu nejednomu subjektu. Podle něj by drtivá většina zveřejněných závěrek byla špatně. Ale nemyslím, že to soudy budou vymáhat
- ostatně, pokud se soud dozví, že zveřejněná ÚZ nemá předepsané náležitosti (např. podpis), měl by účetní jednotku nejdříve vyzvat k nápravě. Teprve potom může uložit sankci. Toho bych se tedy nebál, pokud by taková výzva přišla, teprve bych to začal řešit
- troufnu si tvrdit (aniž bych to kontroloval), že i drtivá většina zveřejněných závěrek společností spadajících do koncernu Agrofert to nebude mít podle tohoto v pořádku :)
- jedná se o stanovisko GFŘ, v Vámi citovaném KOOV je stanovisko KDPČR opačné. Je otázka jak by se k tomu postavil soud, judikatura předpokládám není, nevím o případu kdy by soudy toto kontrolovali a vymáhali (a v dohledné době to s ohledem na předchozí bod ani nečekám..)